氣質聯用儀GC-MS檢測中選用衍生化試劑除了和氣相色譜中選擇衍生化試劑相同的準則以外，還應注意到衍生化產物的質譜特性：質量碎片特征性強，分子量適中，適合質量型檢測器檢測，也有利于與基質干擾物分離。

在GC-MS分析實際樣品時，對羥基、胺基、羧基等官能團進行衍生化往往起著十分重要的作用。

氣質聯用儀GC-MS衍生化有不少益處，例如：

1，改善了待測物的氣相色譜性質。待測物中一些極性較大的基團的存在，如羥基、羧基等氣相色譜特性不好，在一些通用的色譜柱上不出峰或峰拖尾，衍生化以后，情況改善。

2，改善了待測物的熱穩定性。某些待測物，熱穩定性不夠，在氣化時或色譜過程中分解或變化，衍生化以后，待測物定量轉化成在GC-MS測定條件下穩定的化合物。

3，改變了待測物的分子質量。衍生化后的待測物絕大多數是分子量增大，有利于使待測物和基質分離，降低背景化學噪音的影響。

4，改善了待測物的質譜行為。大多數情況下，衍生化后的待測物產生較有規律、容易解釋的質量碎片。

5，引入鹵素原子或吸電子基團，使待測物可用化學電離方法檢測。很多情況下可以提高檢測靈敏度，檢測到待測物的分子量。

6，通過一些特殊的衍生化方法，可以拆分一些很難分離的手性化合物。

當然，氣質聯用儀GC-MS的衍生化方法應用不當，也會帶來一些弊端，

例如：

1，柱上衍生化有時會損傷色譜柱。

2，某些衍生化試劑需在氮氣氣流中吹干除去，方法不當會有損失。

3，衍生化反應不*，會影響靈敏度。

4，衍生化試劑選用不當，有時會使待測物分子量增加過多，接近或超過一些小型質譜檢測器的質量范圍。