串聯質譜的種類很多，常用的是四極桿分析器（簡寫為Q），其次是離子阱分析器（Trap）和飛行時間分析器（TOF）。為了增加結構信息，大多采用具有串聯質譜功能的質量分析器,串聯方式很多，如Q-Q-Q，Q-TOF等。

串聯質譜的主要串聯方式

質譜的串聯方式很多，既有空間串聯型，又有時間串聯型。空間串聯型又分磁扇型串聯，四極桿串聯，混合串聯等。如果用B表示扇形磁場，E表示扇形電場，Q表示四極桿，TOF表示飛行時間分析器，那么串聯質譜主要方式有：

1、空間串聯

磁扇型串聯方式：BEB EBE BEBE等

四極桿串聯：Q-Q-Q

混合型串聯：BE-Q EBE-TOF  Q-TOF 

2、時間串聯

離子阱質譜儀

回旋共振質譜儀

無論是哪種方式的串聯，都須有碰撞活化室，從一級MS分離出來的特定離子，經過碰撞活化后，再經過二級MS進行質量分析，以便取得更多的信息。

10種串聯質譜優缺點的比較

一、 四極桿質譜儀，QMS

QMS是常見的質譜儀器，定量能力突出，在GC-MS中QMS占絕大多數。

優點: 結構簡單、成本低；維護簡單；SIM功能的定量能力強；是多數檢測標準中采用的儀器設備。

缺點: 無串極能力，定性能力不足；分辨力較低（單位分辨），存在同位素和其他m/z近似的離子干擾；速度慢；質量上限低（小于1200u）。

二、飛行時間質譜儀，TOFMS

TOFMS是速度更快的質譜儀，適合于LC-MS方面的應用。

優點：分辨能力好，有助于定性和m/z近似離子的區別，能夠很好的檢測ESI電噴霧離子源產生多電荷離子；速度快，每秒2～100張高分辨全掃描（如50～2000u）譜圖，適合于快速LC系統（如UPLC）;質量上限高（6000～10000u）；

缺點：無串極功能，限制了進一步的定性能力；售價高于QMS；較精密，需要認真維護。

三、三重四極桿質譜儀，Q-Q-Q

Q-Q-Q質譜給四極桿質譜儀在保留QMS原有定量能力強的特點上，提供了串級功能，加強了質譜的定性能力，檢測標準中常作為QMS的確認檢測手段。

優點：有串極功能，定性能力強;定量能力非常好，MRM信噪比高于QMS的SIM;是常用的QMS結果確認儀器;除一般子離子掃描功能外，Q-Q-Q還具有SRM、MRM、母離子掃描、中性丟失（Neutral loss）等功能（離子阱不行）對特征基團的結構研究有很大幫助。

缺點：分辨力不足，容易受m/z近似的離子干擾;售價較高;需要認真維護。

四、 四極離子阱，QTrap

技術上而言，在傳統Q-Q-Q的四極桿中加入了輔助射頻，可以做選擇性激發；或者就功能而言，為Q-Q-Q提供了多級串級的功能。

優勢：同時具備MRM、SRM、中性丟失和多級串級功能，非常適合于未知樣品的結構解析。

缺點：分辨力還是低了點。

五、線性離子阱，Linear Ion Trap

傳統3D離子阱的增強版本.

優點：相對于傳統3D離子阱，靈敏度高10倍以上;多級串級質譜.

缺點：相對于Q-Q-Q，還是不能做MRM、中性丟失等特征基團篩選功能.

六、飛行時間串聯質譜，QTOF

QTOF以QMS作為質量過濾器，以TOFMS作為質量分析器。

優點：能夠提供高分辨譜圖;定性能力好于Q-Q-Q;速度快，適合于生命科學的大分子量復雜樣品分析。

缺點：成本高;需要仔細維護。

七、離子阱-飛行時間質譜，Trap TOF

以3D離子阱作為質量選擇器和反應器，結合了離子阱的多級質譜能力和飛行時間質譜的高分辨能力。

優點：同時具有多級串級和高分辨能力，適合于未知樣品的定性工作，如糖蛋白的定性。

缺點：由于離子阱容量限制，對于混合樣品的靈敏度欠佳;定量能力弱。

八、 磁質譜，Sector MS

磁質譜的定量能力是各種質譜中更強的。現在已較少使用，僅用于地質元素和痕量二惡英的檢測。

優點：技術經典、成熟，NIST等MS庫采用的儀器;分辨力非常好（100k，m/&Delta m FWHM），干擾少;靈敏度高，定量能力是各種質譜中更好的。

缺點：體積、重量大;售價很高;速度慢;維護復雜，很費電。

九、傅立葉變換質譜儀，FT-ICR-MS

據說是質譜中的貴族，質量精度好，幾個月都不需要校正。但是價格也是貴的讓人心寒。

傅立葉變換質譜儀的分辨能力更高，常作為科學研究的裝備。

優點：能夠做多級串級，定性能力好;分辨力高;靈敏度很好;

缺點：體積重量大;售價高;速度也較慢;維護費用非常昂貴。

十、 靜電場傅立葉變換質譜，Orbitrap

優點：高分辨，60k～120kFWHM，質量精度高；相對FT-ICR而言，價格稍低（～450kUSD）；

缺點：不能單獨做串級；分辨力、靈敏度、質量穩定性等離FT-ICR還有距離。